可能。
本体に設定されたリージョンのデータが受け渡しされるだけで、かつインターネットに繋ぐのではなく3DS同士の通信なので、すれ違う場所がアフリカだろうが北極だろうが3DSがすれ違いさえすれば原理的には通信可能かと。
で、3DSのマーケットはどこかというと、たしか海外だと北米EUオーストラリア韓国台湾香港だった気がするので、他の国の人がそれぞれの国の3DSをどうにかして購入していれば、購入地域のリージョンのユーザーとしてすれ違うんじゃないかなと。
たとえば、エジプト人がオーストラリアで3DSを買って日本旅行ですれちがい通信をしたら、オーストラリア人として認識されるんじゃないですかね。